如果牛頓今天還在工作，也許他會很快地就把某些東西發表在《倫敦數學學會通報》（Bulletin of the London Mathematical Society）這類雜誌上，然後，以更完整的版本發表在普林斯頓大學的《數學年鑑》（Annals of Mathematics）上。他很可能在論文的開頭就感激某些數學家，正是他們的成果使他的工作得以開展。接著，他會清楚地解釋他的新成果，指出他在哪裡取得了突破、是怎麼取得的。透過這種方式，他的首創權明明白白地建立起來了，因為先問世的成果都會發表在同行評議的期刊裡。
不幸的是，當時沒有這樣的期刊。這種形式的期刊發展很慢，直到19世紀中葉左右才出現。它的目的更多地是為某個發現爭取首創權提供更穩固的途徑，而不是在科學群體中分享這些新發現。
1669年，牛頓確實將他的早期成果寫在一本小冊子裡，他取名為《無窮級數分析》（Analysis with Infinite Series）（通常簡稱為《分析》（De Analysi）），但它只以手稿的形式在少數幾個同事間傳閱，包括他在劍橋的老師伊薩克·巴羅。當然，它可以在早些時候以書的形式出版——這仍然是牛頓那個時代確立首創權的方式，但因為好幾個原因，他沒有這樣做。
首先，在1666年的倫敦大火後，出版業出現了嚴重的衰退，技術類著作尤其遭殃。具有諷刺意味的是，巴羅多少該受些責備，因為出版他的著作的出版商破產了，於是書籍出版商們對出版數學著作特別謹慎。
即使這樣，要不是命運的車輪又轉了另一個彎，事情也許會有完全的轉機。牛頓很不合群。我們已經看到，在他23歲還是一個學生時，他的成就已經超越了當時最傑出的數學家，只有少數幾個與他通訊的人意識到這一點。1669年，得益於那些未發表的手稿，他被選為劍橋大學數學盧卡斯教授（Lucasian Professor of Mathematics），這使他有充足的時間和自由繼續他的工作。
他的興趣轉向其他，包括他在光和顏色裡的第一批重大發現，這些也是在輝煌的17世紀60年代做出的。他一直都不願意公開他的成果以接受外界的評論，然而他後來還是決定嘗試一下。於是，在1672年，他把這些成果發表在《倫敦皇家學會哲學彙刊》（Philosophical Transactions of the Royal Society of London）的一篇論文中。雖然這篇論文廣受好評，但牛頓發現，他有時得把寶貴的時間投入到應對一些對他的論點空洞的挑戰上。新觀點出現時，通常會有這種危險。不幸的是，有一些反對意見出自幾位著名的科學家，包括荷蘭物理學家克里斯蒂安·惠更斯（Christiaan Huygens）和英國科學家羅伯特·胡克（Robert Hooke）。他發覺胡克的批評尤其麻煩和討厭。
結果，儘管牛頓繼續光學研究，但他再沒有在光學上發表論文，直到30多年後胡克去世，他才發表他在光學上的主要著作《光學》（Opticks）。他決定不向外界公開他的數學成果，很可能也是出於同樣的因素。他似乎相信他的發現只屬於他自已，而不屬於世界和科學，甚至不屬於子孫後代。他還可能是為了給自已更多時間修改他的發現，而選擇深藏不露。
無論什麼原因，這是一個在以後的年頭給他帶來大麻煩的決定，這個決定也讓數學史家們摸不著頭腦。
然而，到17世紀80年代，牛頓已經在機械力學、引力和物體的運動研究方面頗有進展，在他的朋友兼同行埃德蒙·哈雷（Edmund Halley）的強烈建議下，他決定把這些成果付梓出版。 1684年至1685年，牛頓開始認真地撰寫將成為他最著名作品的《自然哲學的數學原理》（Mathematical Principles of Natural Philosophy），於1687年出版。這本書簡稱《原理》（Principia）為大眾所知，它可能將成為科學史上最重要和最著名的著作。
在書中，他簡單地提到了新發現的微積分。他也許用這個方法解決過一些他在書中要解決的問題，然後改過來，再用傳統的幾何形式表達出來。他這樣做也許是為了能把微積分方法保密得更久一點，但也可能是那些傳統幾何的方法是標準的演示和證明方法。
在這些方法中，有一個決定性的示範：笛卡爾旋渦不能解決行星運動問題。不過，笛卡兒的權威讓位於牛頓的萬有引力宇宙觀還需要好幾十年。
在他的《原理》出臺前，牛頓與萊布尼茲不多的幾次接觸總的來說很恭敬、友好。但是現在，牛頓看到了一些發表的文章，這些文章如果不會立即引起他們之間關係破裂的話，在將來肯定會。不過，在我們討論這件事情以前，我們有必要了解一下這些文章的作者。