雅各布·伯努利走了，好爭論的約翰似乎得找其他人交戰了。作為一個健康、精力充沛的人，他還有長達43年的時間去繼續研究、爭論、交戰。比如，洛必達的《微積分》課本在1696年出版了。開始時約翰似乎對此事很高興。收到一份從洛必達那裡送來的副本後，他回信感謝書中提及自已。他甚至答應，如果他也出版了這樣一本書，也會用同樣的方式向洛必達致敬。洛必達居然建議，順其自然地繼《微積分》之後再出版一本專論積分的教科書，既然萊布尼茲似乎不願意在這些事上下工夫。但是，約翰回覆說，他被一些國內的事物所糾纏，心情很不好。對這些事，我們下面馬上就會談到。
這就是約翰最初的反應。但是這本書將歐洲大陸數學家引入了一個激動人心的新領域。它越來越成功，約翰的忌妒和惱怒也與之俱增。在雅各布·伯努利去世後的那幾年，他對境遇充滿抱怨。他連書帶作者一併攻擊，根本就是在指控洛必達剽竊。洛必達已經在前言中對約翰的貢獻表示了感謝，他寫道：“伯努利兄弟提出了很多睿智的觀點，我要向他們致敬，特別是現在的格羅寧根大學教授小伯努利先生。”但現在約翰認為這樣的承認還不夠，他竭盡所能想告訴世界誰才是真正的作者。但人們對他的呼籲似乎無動於衷。
例如，書中第九部分提出的“一些問題的解法……”，包括了我們現在稱作的不定型。儘管它主要是透過幾何形式表達的，但它的結論在後來被稱作洛必達法則（L'Hospital's rule）—求不定型值的一種數學方法。約翰對此極其惱怒，他認為洛必達應該在書中清楚地寫明這是他的成果，而不是洛必達的。但是，公正地說，事實上洛必達從來都沒有說這是他的創造。命運難料的是這本書的廣泛應用，才導致這個結論如此命名——不是他，而是別人啊！
洛必達不再為自已辯護了。1704年，他死了。不過，這隻會讓約翰走得更遠。在約翰漫長的一生（他死於1748年，享年81歲），洛必達的《分析》一直是高等數學的標準教材，甚至用得更長久。後人比較了約翰的講課筆記和洛必達的書，表明他們之間在根本上是一致的，儘管很多筆記上的錯誤沒有出現在書中。由此可以看出，洛必達或者另有其人對約翰的講稿做了一些卓有成效的修訂工作。
按照學者傑拉德·希克斯馬（Gerard Sierksma）的說法，約翰與洛必達達成的有償協議意味著約翰已經將他的發現賣給了洛必達，於是約翰不能發表他自已的作品，至少在一段時間內不能。這也可以用來解釋約翰的不快。
約翰在他給洛必達的回信中所說的一些國內事情指的是什麼？他腦中的想法可能有好幾個。1697年，他失去了一個心愛的女兒。不久之後，他患上了重病。
更有可能的是，這與他在格羅寧根呆的這些年時間有關。從1695年到1705年，他一直住在這個城市。由於這個城市的議員和所在省的議員因宗教分歧而產生敵意，格羅寧根大學裡每個人的日子都不好過。約翰在一個虔誠的加爾文教派家庭長大，一直是這個教派的狂熱成員之一，但部分由於其著述，他被控是一個惡劣的異教徒。我們可以回想一下約翰還受過醫學教育，有人認為他在一段時間從過醫。也許在這段時間的醫學實踐過程中，他發表過一些關於人體持續新陳代謝的評論。他遭到了一個學生和著名的神學家鮑盧斯·哈爾休斯（Paulus Hulsius）的猛烈抨擊。他們指責他否認耶穌的復活。
像往常一樣，他透過反擊來為自已辯護：“他（那個學生）是否不是最差的學生之一，抑或不學無術、藉藉無名，或者受人尊敬、贏得了每一個有識之士的信任，我不會太在意；顯然他無法抹黑一個正直人的名譽。更不用提一個享譽學界的教授了，他這樣做只會誤導年輕人，使他們不走學術的正途。”
他也因為贊成運用實驗去了解自然而受到抨擊。幸運的是，他都涉險過關了，但他依然會經常遭遇坎坷。